Sistem pendidikan yang ada di Pesantren ini merupakan perpaduan antara sistem salafi (tradisional) dan sistemkhalafi (modern). Di samping pendidikan formal, Al-Kamal tetap mempertahankan sistem pendidikan diniyah yang kurikulumnya 90 persen lebih pelajaran agama dalam perbagai cabang disiplin ilmunya. Para santri dan alumni, meski pendidikan formal yang diikuti berbeda, tapi kemampuan pengetahuan agama mereka relatif sama. Hal itu karena santri wajib mengikuti pendidikan non formal berupa Madrasah Diniyah.
Untuk mengikuti perkembangan jaman, Pondok Pesantren al-Kamal dirancang secara terpadu, mensinergikan antara pendidikan umum dan pendidikan agama. Pendidikan Madrasah Diniyah di Pesantren al-Kamal diselenggarakan dengan menggunakan sistem
klasikal.
Sementara kurikulum pendidikannya disusun oleh internal pesantren sendiri dengan membaca kebutuhan ideal santri akan pengetahuan dan pendalaman agama. Sementara jenjang pendidikan Pesantren al-Kamal berusaha menjawab kebutuhan santri dan masyarakat, mulai dari jenjang pendidikan pra sekolah hingga perguruan tinggi, yaitu Paud al-Kamal, TK al-Kamal, SMP al-Kamal, SMK al-Kamal dan Ma’had Aly al-Kamal.
Keistimewaan yang dimiliki Pesantren Al Kamal diantaranya : (1) Santri menggunakan Bahasa Arab dan Inggris sebagai bahasa komunikasi sehari-hari di pesantren, (2) Santri dibimbing membaca kitab kuning secara langsung oleh Pengasuh Pesantren, (3) Santri mendapatkan bimbingan materi Ujian Akhir Nasional (UAN) khusus kelas III oleh para pengajar profesional, (4) Seluruh santri dikarantina dalam menyongsong Ujian Akhir Semester (UAS) dan Ujian Madrasah Diniah, dan (5) Santri dilatih berorganisasi.
Dengan segala bentuk pendidikan dan kurikulum serta keistimewaan yang dimilikinya, Al Kamal siap membentuk santri menjadi intelektual muslim yang berakhlaqul karimah, rela dipimpin dan siap memimpin.
